但是1410年发生了解缙之狱，解缙被捕，朱棣因此怀疑解缙修的《太祖实录》也潜藏着反动思想，所以进行了再修，至1418年朱棣再版的《太祖实录》正式出版，这就是今天所见的《太祖实录》。
因为《太祖实录》经过三次编写，所以后代史学家对此都颇有微词，明代的张岱说“（《太祖实录）》）事皆篡改，罪在重修”，《明通鉴》的作者夏燮说朱棣篡史“借以文其篡逆之名也”。
编写故事在史学书写中是大忌，但朱棣及其后代还真就编写了一本故事书《奉天靖难记》。
此书编写于永乐朝，完全站在朱棣的角度上记录了靖难之役。该《记》和《太宗实录》的一至九卷（被称为《奉天靖难事迹》）内容极其相似，所以史学家推测《太宗实录》的一至九卷就是按照《奉天靖难记》写的。
二书记载着朱元璋晚年曾三次想要立朱棣为太子的情节，还说朱元璋是“骤死”，字里行间透露着朱允炆杀祖父篡位的意思。
二书严重丑化了旧太子朱标和建文帝，说朱元璋对朱标、朱允炆父子一直都不满意，“（朱标）多失道，太祖尝督过之，（朱标）退辄有怨言”，建文当皇帝后更是“失德”。而朱棣当燕王时不仅仁孝，还文武双全，深得太祖信任。
二书将朱允炆和方孝孺描写成了昏君馋臣的嘴脸。通过对比，不仅标榜了靖难是类似于周公代政之义举，而且燕王登基也是正统合法。所以明史专家王崇武评价二书“丑诋失实”。
还有一个有趣的事，明太宗朱棣的庙号后来又改成了明成祖。
在古代，祖和宗有着非常明确的分别，尤其是给皇帝上庙号的时候，祖和宗的性质完全不同。
一般开国皇帝，都被称之为祖。比如说唐高祖李渊、宋太祖赵匡胤、元太祖孛儿只斤铁木真、明太祖朱元璋、清太祖努尔哈赤。