看到了火帽枪研制的可能性，朱由检迫不及待，在武英殿召开枢密大臣会议。
这次会议，有袁可立等枢密院官员参加，还有施凤来、徐光启等有枢密大臣加衔的朝堂大臣。
兵科给事中因为要审核有关军事的诏书和命令，所以同样与会。
朱由检首先关注了枢密院成立的进展，尤其是各部组建。
得知参谋部已经成立作战司，由杨嗣昌率领制定作战方案后，满意地点了点头，夸赞了袁可立几句：
“枢密院成立的目的，就是为了更好的作战。”
“作战司是重中之重，所有机构组建都要以利于作战为中心。”
再次强调作战司的重要性，确定它枢密院第一司的地位。
这个司的司长，现在是副总参谋长兼任，以后也成了惯例。
除了作战司外，参谋部最重要的是通信司。
作为主管军令的机构，通信司对参谋部至关重要。军事命令下发，都要经过通信司。它的下属机构，有机要厅、通信管理厅、通信兵训练厅、档案室，以及通信研究所等。
朱由检原本打算把这个机构放在锦衣卫负责的情报部，但是被兼任总参谋长的袁可立争了过去。
考虑到参谋部对通信的依赖，朱由检同意了这一点。打算让通信司负责正常军令，情报部负责秘密通信。
除此之外还有职方司，是从兵部职方司转来的。相比原本的职责小了一些，主要负责舆图和军制。
它的职责，可以看做编制司，确定各地军队的编制和防区。
朱由检命职方司为各地军队确定番号，规定所有的营级以上编制，在原本名称之外，都要有数字番号：
“周礼曰：五卒为旅，五旅为师，五师为军。”
“未来的大明军队，要按军师旅编制。”