朱由检之所以对李三才全面否定，是因为他最痛恨这种人的行为。
以李三才为代表的部份文官，在夺权上很有一手。甚至还很会经营名声，得到朝野赞誉。
但是细数功绩，这些人又没做出多少。例如李三才在夺取漕运总兵的权力之后，根本没有能力治军
漕军兵马十二万，沿岸一百多个卫所，在朱由检看来是很强的力量。但是在李三才等文官手中，基本上被废弃。
所以在了解到漕运的现状后，朱由检坚持复设漕运总兵，并且使用武勋。
这自然引起了文官反弹，户部尚书毕自严道：
“昔年漕运总兵存在时，多有不法之事，随意役使军卫。”
“而且久裁而复，应当从长计议。”
朱由检仍旧还在气头上，斥责道：
“漕运总兵纵有不法，也不会放任漕帮坐大。”
“朕最痛恨的就是某些官员只知夺权，却从不思量有没有能力运用权力。”
“但凡漕运总督能够好好治军，朕何至于在朝堂上讨论漕帮之事？”
“漕运总兵复设势在必行，专门负责管理漕军。”
“漕运总督兼任漕军护军使，下设护军都尉，协调漕军和沿途府县的关系。”
这番话语让一些文官脸面无光，却又放下了心。
因为皇帝复设的不是以前位在漕运总督之上的总督漕运总兵官，而是专管漕军的漕运总兵。两者的地位最多平行，甚至漕运总兵还低一些。
文官夺取的漕运权力基本还在，只是分出了治军权力。
所以他们对皇帝拿李三才指桑骂槐，指责一些文官的行为，只能默默听着。