设立卫尉寺后，第一个要确定的就是级别。
大明的五寺被朱由检调整级别后，目前有大理寺、太常寺、太仆寺三个正三品衙门，光禄寺、鸿胪寺两个从三品衙门。
因为是打算用从三品指挥同知提督，卫尉寺的级别，被朱由检定为从三品。
群臣对此有些异议，因为他们很想将卫尉寺定为正三品，以锦衣卫指挥使担任卫尉寺卿。
这样即使皇帝另外任命锦衣卫掌印，锦衣卫明面上也有了两个指挥使，卫尉寺卿可以在他们支持下和锦衣卫掌印争权。
朱由检当然不允许这样的事情发生，主动压低了卫尉寺的级别，将它定为从三品。
面对群臣将卫尉寺定为正三品衙门的要求，朱由检道：
“卫尉寺卿提升为正三品也可以，但是要列入刑部侍郎候选，可以转任三法司官员。”
“如果你们同意这一点，朕就定为正三品。”
群臣这下不说话了，六部侍郎和尚书、大学士一样，都是他们的自留地，需要廷推任命。
如果将卫尉寺卿列入刑部侍郎候选，并且能转任三法司其他部门。那就多了一群争夺官位的锦衣卫官员，外面的文官能骂死他们。
但是不答应这一点，皇帝又以名不副实为由，不同意将卫尉寺卿定为正三品。
这让他们只能作罢，把卫尉寺定为从三品衙门。
如此一来，卫尉寺卿想要升迁，仍旧是担任锦衣卫指挥使。这个职位的任命权，完全在皇帝手里。
皇帝掌握着卫尉寺卿的前途，自然能对其约束。而不像以前那样，对锦衣卫指挥没有任命权。
作为从锦衣卫分出的新衙门，群臣现在都没有认识到卫尉寺的重要性，但是以后他们就会知道了。
这是公检法中最重要的公共安全机构，放在后世通常都要兼任政府副长和政法委副书记——
职权比检察院、法院这样的独立机构还要大！